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日本解除緊急事態宣言後，東京都從 6月下旬每天新增 50例COVID-19確診個案，到 7月起變成每天新增 100例左右，更從 7月9日起連續 4天每天新增破 200例，在單日確診人數上已經超過 4月高峰期的數字，日本的下一波疫情正式到來。
不過，日本現在這波疫情和前一波（3月下旬到 4月）最大的不同在於，這次絕大多數的新增確診患者都是 2、30多歲的年輕人，有不少人都是因為配合疫調（和確診患者有接觸史）進而抓出來的無症狀感染者。可以說，目前這波確診患者之所以會集中在年輕人，其實是因為終於有認真在做疫調，匡列和確診患者有接觸史的人，擴大檢驗的結果。前一波（3月下旬到 4月）疫情最險峻時，負責疫調的單位已經忙不過來，根本沒有辦法針對每一個確診個案好好調查。
關於新宿區集團檢查一事，是東京解除緊急事態宣言及各業種「自肅營業（自主休業）」狀態後，新宿區長吉住健一跑去和新宿區內夜生活（夜店、酒店等）業者溝通，希望大家能主動參加新宿區的集團檢查，有人確診就能馬上送去治療，如果大家都沒事就可以對外證明現在這波疫情並不是都是夜生活害的，藉此洗刷負面形象。
東京都知事小池百合子也在 7月9日的記者會上證實，東京都這幾天之所以會多出這麼多確診患者，是因為新宿區針對「飲食接待業」進行集團檢查的結果。「飲食接待業」這個新名詞，就是指伴隨陪酒陪舞各種陪的夜店、酒店等夜生活業者。
然而，就有有心人士藉機宣傳，現在多出這麼多感染途徑不明的無症狀感染者都是夜生活從業人員，試圖要污名化夜生活業者。對此，性工作者團體SWASH的要友紀子表示，大家這時候應該要感謝這些人配合新宿區主動參加集團檢查，還要感謝這些確診的從業人員主動聯繫近期曾近距離密切互動過的人接著去檢查才是。
關於疫情間日本社會對於夜生活的污名化，可以參考《【武漢肺炎在日本】夜生活恐成防疫破口？補助金唯獨不給黑道和風俗業》這篇文章，或Podcast第 2集《PODCAST#02｜日本搞笑藝人岡村隆史失言惹議，看性風俗產業如何一再被污名》
已經進入社區傳播階段的新宿區
感染科醫師忽那賢志指出，現在東京都新宿區的PCR檢驗陽性率逼近 40%（東京都醫師會指出，新宿區 7月3日的PCR陽性率為 37.3%），每檢驗 2–3個人就有一人是陽性，特別是新宿區的醫院最近因為骨折、腹痛這些乍看之下和COVID-19無關的理由就醫之後，追加檢驗才抓到是COVID-19感染者的例子變多，這代表新宿區已經進入社區傳播（community spread）的狀態：新宿區哪裡又出現感染者都不奇怪，如果醫院的防疫措施沒有做好，很有可能就會發生院內感染，或許該是時候考慮讓新宿區內所有住院的患者或手術前患者都必須要驗PCR。
面對不少媒體報導新宿區 7月PCR陽性率破 30%一事，COVID-19擔當大臣兼經濟再生大臣的西村康稔在推特上反擊道，新宿區 6月的時候夜生活相關從業人員的陽性率是 31%，一般上班族才 3.7%，不能說新宿區已經進到社區傳播階段。可是，人家現在媒體報的是 7月的PCR陽性率，而且還是扣掉夜生活從業人員的PCR檢驗陽性率破 30%，西村康稔怎麼會拿 6月的數據出來比。
重症人數的關鍵在 1、2週後
忽那賢志表示，雖然現在東京都的重症患者人數很少（截稿日期 7月13日晚間只有 6人），前一波（3月下旬到 4月）疫情最險峻的時候最高曾到 105人，但並不表示現在就可以掉以輕心，因為COVID-19通常是在發病後 7–10日病情會迅速惡化，所以重症患者數的高峰會在這之後，1、2週之後病情會變怎麼樣還很難說。
病毒不會挑年齡，不能掉以輕心
忽那賢志強調，現在日本很多人都說：「年輕人不會變重症，所以不用太緊張」，但這其實搞錯了兩件事。第一件事情是，病毒不會挑年齡，不是只有年輕人會感染COVID-19，東京都整體的住院人數一直在增加，而且在這之前東京都租了幾棟飯店當輕症病患養病用的「防疫旅館」現在也不太能住，所以一部分的輕症者又轉回醫院，如果之後新增確診人數持續增加，就會消耗掉更多醫療資源。第二件事情是，年輕人也有可能變重症，就算目前確診的年輕人都是無症狀感染者或輕症患者，他們在確診前可能都沒有意識到自己感染了COVID-19，在不知不覺中讓病毒擴散出去。
日本的「防疫旅館」是專門收治症狀輕微的COVID-19確診患者，和台灣的「防疫旅館」是作為從國外入境者 14天居家檢疫用，居家檢疫期間一旦確診就必須要離開的「防疫旅館」不同。
關於東京都的「防疫旅館」一事，當初東京都的簽約好像即將到期，所以 8月好像會在募集一次專門收治輕症確診患者的「防疫旅館」。
目前關於東京都「防疫旅館」的訊息不夠明朗，可以從東京都福祉保健局的網站上得知 2間「防疫旅館」的名稱，從東京都新型冠狀病毒防疫對策網站則可得知現階段有多少名確診患者住在「防疫旅館」養病，但 2間「防疫旅館」的具體狀況不得而知。
密閉空間的劇團表演成最新群聚
事實上東京都除了新宿區的夜生活從業人員的集團檢查之外，現在爆出的劇場群聚感染也是在新宿區。再加上舞台劇性質的關係，感染者的年齡層也是年輕人為主。
位在新宿區的新宿シアターモリエール劇場，在 6月30日到 7月5日一連 6天、每天 2場舉辦《THE★JINROイケメン人狼アイドルは誰だ！！ー》公演。
目前已經確定THE★JINRO至少有 30名以上的演員＋工作人員＋觀眾確診COVID-19，確診人數還在增加中。由於連續 6天的公演，每一天都有確診個案出現，目前東京都保健所已將所有工作人員（含演員）＋12場表演總計約 800名觀眾列為COVID-19確診患者的密切接觸者，呼籲所有曾參加任一場公演的觀眾迅速聯繫保健所。
THE★JINRO主辦單位表示，防疫期間他們有確實分隔演員休息室、觀眾人數只收一半、確保舞台和觀眾間的間距、入場時所有觀眾都必須要戴口罩並做好消毒工作、中場休息時間做好通風工作等。此外，演出期間的 7月4日當天，其實有一名演員表示自己身體不適，但因為該名演員的抗體檢查呈陰性，體溫又沒有超過 37.5°C，未達在家休養的標準，所以依舊讓該名演員登台演出。
目前相關疫調查仍在進行中，東京都將針對主辦單位調查演出期間是否有遵守業界的防疫指南，確實做好防疫工作。
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