日本學術會議是在內閣總理大臣旗下，由 210名成員提供獨立於日本政府施政建言的學者代表機構，被譽為「學者的國會（学者の国会）」。
一任六年，每三年聘任半數席次
日本學術會議的 210名會員，每人任期 6年，每 3年會重新遴選半數成員（105人），3年後再遴選另外的 105名成員。今年正是重選半數成員的年度。
根據日本《日本学術会議法》，日本學術會議成員的遴選方式為，日本學術會議的成員列出首相的推薦人選候補名單，再由首相任命新成員。
本日，日本學術會議發表的新成員名單當中，理應公布 105人，卻只有 99人。
推薦名單首次遭拒
根據內部相關人士表示，日本學術會議確實在 8月底的時候，向政府推薦了 105人，但當中有 6人沒有被首相菅義偉任命。這是日本學術會議更改為現行制度的 2004年以來，首次出現日本學術會議的推薦人選被拒絕的事件。
外界、以及沒有獲得首相任命的 6人就批評，這是政府介入學術自由，而且首相菅義偉或內閣官房長官至今仍拒絕表明拒絕任命這 6人的理由。
在昨日退任的日本學術會議前會長山極寿一，就在本日召開的學術會議總會上表示，日本學術會議從 1949年創立以來，一直都有守護好獨立自主的立場，這次內閣完全沒有提供任何說明，就拒絕日本學術會議提交的推薦名單，這對於日本學術會議的存在有很大的影響。
被拒絕的六人
目前已知遭到菅義偉拒絕任命的 6人為：
東京慈惠會醫科大學憲法學教授 小沢隆一
早稻田大學行政法學教授 岡田正則
立命館大學刑事法學教授 松宮孝明
東京大學日本近代史教授 加藤陽子
東京大學政治學教授 宇野重規
京都大學基督教學教授 芦名定道
6人皆為人文・社會學科領域的學者。松宮孝明曾經反對《改正組織犯罪処罰法》新設「共謀罪」，小澤隆一曾批評《安全保障関連法》的安保法制有違憲疑慮。
2020.10.04更新：日本新科首相菅義偉超愛甜食和鬆餅，幾乎是所皆知的事情（基本上就是被媒體塑造出來的形象）
3號上午 7點24分到 9點6分，菅義偉在知名鬆餅連鎖店Eggs ’n Things原宿店和各大媒體的記者「懇談會」。
立場偏左的《朝日新聞》、《東京新聞》紛紛發稿表示，當時他們沒有派記者出席這場鬆餅會，要求菅義偉應儘速召開記者會，說明日本學術會議為什麼少任命 6名成員一事。而非召開「懇談會」和記者們一起吃鬆餅「純聊天」。
菅義偉從 9月16日起，就沒有對外召開過記者會。
2020.10.07更新： 日本學術會議任命問題延燒不斷。
目前爆出，每 3年改聘半數會員的日本學術會議，雖然這次是有史以來第一次發生，日本學術會議內部提交的 105位正式推薦候補名單，出現有人沒有被首相首相任命的情況。但其實上一次（2017）改聘半數會員時，就發生過，首相官邸希望日本學術會議能夠提供多於聘僱人數 105人的推薦候補名單，最後由首相決定要選哪 105人。
會發生上述情況，是因為再前一年（2016）必須要補充人選，但日本學術會議和內閣官邸之間態度不一，導致日本學術會議人數差了 3人。當時的日本學術會議會長大西隆和時任內閣官房副長官的杉田和博面談後決議，2017年改聘半數會員時，日本學術會議必須要提供多於 110人的候選名單（只選 105席）。
在這之前，都沒有發生過類似事情。1983年時任首相的中曾根康弘，就曾在議會上表明，日本學術會議的成員，是由各個學會握有推薦權，政府只是形式上的任命日本學術會議提交的推薦名單而已。
2020.10.13更新： 謊稱自己不知情，卻遭內部知情人士爆料
上週五（9），日本首相菅義偉接受記者團體採訪時才說，自己是基於法律任命日本學術會議的成員，但是他收到的名單，就是少了那 6人的名單，而不是 105人。言下之意就是，在某人把名單交給菅義偉之前，就不曉得是誰幫忙刪掉那 6人了。（OS：誰好大的膽子）
週一（12）早上，加藤勝信內閣官房長官在記者會上澄清道，當時給菅義偉的名單應該有兩份，但是菅義偉只有看到那份只有 99人的名單，沒有看到後面附件還有 105人的完整名單。（OS：這要怪他自己沒有看到名單吧，如果是這樣的話出來道歉、趕快任命那 6個人就好啦）
沒想到當天（12）晚上又有新的發展：《時事通信》報導指出，9月28日那一天，相當於事務次官的杉田和博官房副長官，再將名單交給菅義偉時，就和菅義偉建議要排除這 6個人。菅義偉確認過這 6個人的名單，也知道這件事，是菅義偉堅持要排除這 6人了。（OS：坐等明天早上的新聞）
ps. 菅義偉上週五（9）接受記者團體採訪時，雖然不知道為什麼，總之這整個過程被法國媒體的特派員西村カリン錄了下來，公開在SoundCloud上。然後很剛好的被獨立媒體人望月優大打成逐字稿公開在note上。
參考資料
- 菅首相、日本学術会議「推薦候補」6人の任命拒否 「共謀罪」など批判、政治介入か
- 日本学術会議推薦の6人、任命されず 菅首相に任命権
- 学術会議推薦者6人任命せず 政府、現制度下で初
- 学術会議推薦人事見送り 政府、新会員の一部を 現制度下で初
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