PCR檢測陽性率是判斷COVID-19疫情狀況的重要資訊，然而，日本的PCR檢測結果一直為人詬病，質疑日本是不是在蓋牌？日本是不是驗太少，所以陽性率才這麼高⋯⋯？這些質疑並不是空穴來風，畢竟日本在PCR檢測上風波不斷，不僅無法即時公布最新資訊，就連PCR陽性率的計算方式都沒有全國統一！日本各地方政府的PCR陽性率計算方式不同，上呈給中央（厚生勞動省）的資訊也就沒有辦法綜合來看。
各地的PCR檢測陽性率分母竟然不一樣
總的來說，PCR檢測陽性率，就是所有檢測的人當中驗出陽性的比率有多少。理論上照這句話來看，PCR檢測陽性率就是要計算「所有檢測的人」檢測結果的陽性率，所以分母當然就是要放「所有檢測的人」。然而，日本有些地方政府在計算PCR陽性率的時候並非如此。
這個現狀就連厚生勞動省專家會議的尾身茂副座長都看不下去，在 5月1日的記者會上要求政府應該要提供「正確的分母」數據，如果沒有「正確的分母」就沒有辦法靠PCR檢測陽性率來掌握疫情狀況。厚生勞動大臣加藤勝信雖然在 8號的記者會上說：「陽性率是重要的資料，希望都道府縣配合調整」，但厚生勞動省至今沒有制訂出一套全國統一的PCR陽性率計算標準，沒有辦法要求各地方政府即時提供計算PCR陽性率所需要的資料，只以一句「知道都道府縣現在很忙，所以沒有辦法即時報告現況」作結，讓PCR檢測陽性率的計算問題一直無法解決。
PCR檢測陽性率的「分母」問題出在哪？
目前日本各地可以進行PCR檢測的機構可以分成：
- 國家機構（例：國立感染症研究所、檢疫所等）
- 地方公家機構（例：地方的衛生研究所、保健所等）
- 民間機構（例：民間檢疫公司、大學、醫療機構等）
有些地方政府在計算PCR陽性率的時候，只會統計公家機關檢驗結果，而不將在民間機構檢測的結果納入PCR陽性率的計算當中，就會為讓PCR檢測陽性率的分母不一致。例如：神奈川縣和兵庫縣到現在都還沒有統計民間的PCR檢測結果，而大阪府和京都府則是從一開始就有將民間機構的檢測結果納入計算當中，但另外也有像北海道是從一開始就沒有民間採驗的方式。
另一種情況是，COVID-19確診個案必須要二驗陰性才能出院，有些地方政府在計算PCR陽性率的時候，會把這些「陰性檢查（確診之後用來檢驗病毒量是不是低到可以出院）」也算進去，就會造成同樣的個案不止一次被算入PCR檢測陽性率計算當中，這也會讓PCR檢測陽性率的數值較低（二驗陰性的結果就是陰性，如果將這些例子加入檢測總數的分母，就會讓陽性率變低）。厚生勞動省表示，目前大約有近 20個都道府縣將「陰性檢查」的結果也納入PCR陽性率的計算當中。
47個都道府縣可能就有47種（以上的）情況
舉例來說，東京都最初就只有統計公家機關的檢測結果，所以沒有公布東京都的PCR檢測陽性率。直到後來東京都修正PCR檢測陽性率的計算方式，納入民間檢測結果並刪除出院前二驗陰的資料，到 5月8日才首度公布PCR檢測陽性率，16–22日的PCR檢測平均值為 1.3%。
另外像千葉縣的情況是，民間檢測機關提供的數據包含了二驗陰性的資料，現在千葉縣考慮將民間檢測結果的二驗陰性數據刪掉之後，再將這些數據納入PCR檢測陽性率的計算當中。
至於埼玉縣則是，最初只有統計埼玉縣經營的 13間保健所和民間機構的檢測結果，直到這個月 15號才把縣內政令指定市和中核市的 4間保健所檢測結果納入，計算出埼玉縣整體的PCR陽性率。
無法及時更新最新數據的「時間差」
日本PCR陽性率的問題不只有上述的「分母」問題，從採驗→檢驗結果出爐→彙整上報的「時間差」也是一大阻因。
目前在PCR檢驗陽性率在計算上，是由各個檢驗機關將檢驗數據提交給負責的保健所，再由保健所上呈給所屬的地方政府（都道府縣或政令、中核市行政單位），由地方政府彙整發表當日的COVID-19檢驗陽性人數。
由於目前日本的PCR檢疫能量吃緊，PCR檢疫工作沒有辦法在當天完成，很有可能當事人A在今天採驗完，要等到 2–3天之後檢驗報告才出爐。所以，在上報COVID-19檢驗陽性人數的同時，必須要同時附上各個檢體的採驗日期，才有辦法補齊前幾天的PCR檢驗數據，算出前幾天的PCR檢測陽性率的「正確值」。這就會演變成，政府在作業流程上為了求快，所以是優先上報當日檢驗結果確診為陽性的總數（PCR陽性率的分子），事後再補上每天的總檢驗數（也就是分母的部分），所以厚生勞動省根本沒有辦法每天公布即時的PCR檢驗陽性率數值——因為每天新增的確診人數，其實是前幾天採驗的結果。
每天公告的數據只是速報值，而非準確值
目前厚生勞動省每天傍晚都會公告前一天各個都道府縣的確診人數，但這些數值充其量只能當作速報值，而非準確值。因為厚生勞動省坦承，目前有 12個都（道府）縣（這句話的說法意思就是有東京都，但沒有北海道、京都府和大阪府）沒有辦法在檢疫當天就上報PCR檢測結果。所以厚生勞動省針對這 12個都（道府）縣改變統計方式，由厚生勞動省直接到這幾個都（道府）縣的官方網站上計算新增確診人數，將這些數值以暫定的方式公告上去（也就是速報值），之後再核對和當地政府事後補上的資料是否一致。
舉例來說，厚生勞動省公布的數據指出，日本全國截至 5月6日共實施了 15萬7,563件PCR檢查，當中有 1萬5,300件檢驗結果為陽性，日本全國的PCR陽性率為 9.6%，但如果單看東京都的話PCR陽性率為 37.1%。對此，東京都強烈反抗厚生勞動省的數據，表示東京都現在因為醫療現場太忙，沒有辦法每天即時上報數據，所以是每週更新一次，實際值根本不像厚生勞動省估得那麼高。隨後，東京都也在 5月8日晚間單獨公布自己計算出的東京都PCR檢測陽性率。東京都在 4月11日和 14日兩天來到PCR陽性率高峰值 31.6%，隨後漸減，5月過後的PCR陽性率都在 10%左右，5月7日的PCR陽性率更只有 7.5%。
只要調整計算方式，就能讓數字變好看
地方和中央算出來的PCR陽性率不同的例子，還不是只有東京都而已。愛知縣在官方網站上公布的愛知縣PCR檢測陽性率只有 4.2%，但厚生勞動省公布的數據卻是 6.3%。這當中的差異在於，厚生勞動省在計算上，是以檢查人數當做分母，同一個人測 2次以上都只算一次，但愛知縣卻是以檢查件數當作分母，就有可能將「陰性檢查」算進去，讓PCR陽性率的數值變低。
東京大學公共政策大學院的鎌江伊三夫特任教授指出，日本現在因為只有驗很可能就是COVID-19患者的人，所以檢驗出來的陽性率很高，這在統計學的採樣上會有偏頗，而且檢驗數太少，很難得出值得信賴的數值。鎌江伊三夫也提到，厚生勞動省現在已經承認抗原檢查的快篩試劑，抗原檢查快篩的速度比較快，但準確率比PCR來得低，之後厚生勞動省也打算要針對 1萬人進行大規模抗體檢查，日本政府必須要盡快找出能正確統計確診人數的方式。
都2020年了都還在用傳真機傳手寫資料
鎌江伊三夫的擔心並不是沒有根據，因為日本至今都還是使用傳真機上報確診人數的相關資料，光是東京都就爆出不只一次因為傳真機的關係導致導致統計上出包——5月11日，東京都上呈的資料漏了 111例確診病患，還有 35件是重複上報的例子；20號再度修正 11號發表的資料，有 9名確診患者的性別和年齡有誤；5月21日漏報 58件，重複報了 11件確診個案。
這些問題出在於，根據日本《感染症法》醫療機關的醫師必須要填寫一份「発生届」，上面必須要記載確診患者姓名、住址、症狀、感染途徑，並將這份「発生届」傳真給保健所，接著再由保健所將這些資料傳真給東京都。由於這些「発生届」多半是用手寫的，就會發生醫生寫的內容經過傳真送到保健所之後，保健所難以判讀醫生寫的內容，再加上現在業務繁忙所以不時會出包。
另一種情況是，東京都最一開始只有一台傳真機專門在收這些各地保健所傳真過來的「発生届」，再由 10名左右的員工核對內容。最後發現，這一台傳真機沒有辦法應付一天上百通的傳真，尖峰時間一口氣有太多封傳真過來，會讓傳真機故障，以致於有的傳真沒有收到，或有的內容重複印出來。東京都 23區內一間保健所的負責人便說：「東京都忙到沒有空確認有沒有收到傳真，現場應該是一片混亂吧。」
所以，東京都從 4月中旬開始增設傳真機，並要求東京都內的保健所前來支援都內的PCR檢測統計作業。接著在 5月啟動COVID-19確診患者即時資料庫系統，讓東京都和保健所可以即時掌握、互相確認所有確診患者的狀況。
現在還在開發線上申報系統（還沒正式上路）
有鑒於上述這些資料不夠即時、傳真機應付不來的問題，厚生勞動省決定將在 5月底啟用新開發的「新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システム（HER-SYS：Health Center Real-time Information-sharing System）」系統，直接略過保健所和都道府縣這一關，讓現場的醫療人員可以直接把電子資料輸入系統內，就能讓中央和地方政府同步掌握最新的疫情狀況。目前這套系統從 5月17日起陸續在部分保健所進行試用，預定將在 5月底內完成系統開發，並直接將這套系統送到醫療現場。
